Nel corso del Settecento l’Università acquisì e raccolse nel proprio Museo, allestito nel cortile e in alcune stanze del Palazzo del Rettorato, collezioni di reperti e oggetti d’arte egizia e greco-romana.
Per quel che riguarda la costituzione della collezione egizia, particolarmente importante fu il viaggio in Egitto e in Medio Oriente del medico e naturalista Vitaliano Donati, direttore dell’Orto Botanico, tra il 1759 e il 26 febbraio 1762, data della sua morte. I materiali da lui raccolti raggiunsero il Museo dell’Università a partire dal 1761 e ancora nel 1763, dopo il suo decesso.
Tali raccolte, a partire dal 1829, furono trasferite nel seicentesco Palazzo dei Nobili e andarono a costituire, insieme alla collezione raccolta da Bernardino Drovetti e acquistata dal re Carlo Felice nel 1824, il Museo di Antichità ed Egizio (1832). La proprietà giuridica dei beni rimase all’Università almeno fino al 1882, quando per legge fu sancita la separazione di gallerie, pinacoteche e musei archeologici dalle Università di appartenenza. Il Museo Egizio e il Museo di Antichità furono definitivamente separati nel 1939.
Sono resi disponibili in questa collezione anche alcuni documenti relativi agli egittologi che tra la fine dell’Ottocento e gli anni ottanta del Novecento ebbero la direzione del Museo e tennero l’insegnamento di Egittologia all’Università: Ernesto Schiaparelli, Giulio Farina, Ernesto Scamuzzi e Silvio Curto.